伊春市伊春区人民检察院的起诉书中引用了国务院事故调查报告内容说，齐全军作为事故当班机长，未履行民用航空法关于机长法定职责的有关规定，在飞机进入辐射雾中飞行时始终未看见机场跑道、没有建立着陆所必需的目视参考的情况下，仍然穿越最低下降高度实施着陆。此外，飞行机组在飞机撞地前出现无线电高度语音提示，且未看见机场跑道的情况下，仍然未采取复飞措施，继续盲目实施着陆，导致飞机撞地。在事故发生后，齐全军作为机长未能及时组织乘客疏散，反而自己擅自离开工作岗位。航空法专家，中国民航管理干部学院副教授刁伟民说，这些因素都表明，齐全军的操作失误对事故发生负有直接责任。这是必须对他追责的原因。
刁伟民：根据1963年东京公约和我国民用航空法的规定，机长对航空器的安全运行和旅客机组人员的生命财产安全负有第一责任。并且规定在发生紧急情况时，机长应当最后离开航空器。航空人员玩忽职守或者违反规章制度导致发生重大飞行事故造成严重后果的，分别依照刑法第178条玩忽职守罪或131条重大飞行事故罪来规定，追究刑事责任。
记者采访多位民航飞行员，他们普遍认可机长和机组人员确实对空难负有重要的责任，对这次的判罚没有太多异议，但从行业角度来说，一方面警钟敲响，安全责任的意识更重一重，另一方面却感觉责任重大处罚可入刑，以往国内甚至全球都没有类似的处罚，感触比较复杂。也有人问，40多人的离世都与齐全军有关，为何他的刑期只有短短三年?对此，知名律师岳成表示，判决符合《中华人民共和国刑法》有关规定和立法精神：
岳成：飞行员发生事故是过失犯罪，与故意犯罪是有很大区别的，造成人员伤亡，严重财产损失量刑规定是在3到7年。加上要考虑机场的环境气候多个因素综合考虑。
除了追责责任人，事故暴露的问题也不容忽视。据知情人士透露，伊春空难的发生与这次飞行的“四个新”离不开：通航仅三星期的新航线;投入刚刚一年新机场;一家仅成立3年的支线航空公司和从未飞过此航线的两位飞行员，这些因素都在这起事故中扮演了重要的角色。虽然伊春空难的遇难者善后赔偿，大部分已经通过调解得到解决，责任人现在也受到法律的制裁。但用受害者家属李女士的话说，除了追责机长，事故的反思才是他们更希望看到的。
李女士：是有很大漏洞的，出现这样的事故。从制度上的反思才是最重要的。
此番齐全军被追刑责，航空法专家，中国民航管理干部学院副教授刁伟民认为，民航的快速发展不可忽视安全和质量，行业也应该受到警示。
刁伟民：这个案子判决结果表明我国高度重视航空安全，以刑法来督促航空人员遵守规章制度，确保飞行安全。对航空人员是一种警示和教育，有助于进一步强化航空人员的法制意识，促进民航的法律建设。
坠毁的飞机上44人死亡、52人受伤，4年前的这场“伊春空难”，也许会慢慢被人们淡忘，但我们希望生命的代价、法律的警钟，能唤醒更多责任意识，换来更多的出行安全。
