两地警方均声称对此案有管辖权，理由均是属地管理——两地警方均表示，案发地是自己管辖区域内。
在案件的定性上，额济纳旗警方将此案定性为“重大刑事案件”，而金塔警方则认为此案是“群体治安事件”。
额济纳旗公安局政工办主任杨欣认为，经过警方侦查，犯罪嫌疑人触犯故意伤害、非法劫持、冲击政府机关等多项罪名，适用《刑法》，故将此案定性为重大刑事案件。
金塔县公安局副局长刘红民则认为“群体治安事件”是一个更为准确的定性，“如果嫌疑人触犯了刑法，当然就是刑事犯罪，但调查未结束之前，不能一概而论。”
“就是为了把检查站推倒”
按甘肃金塔县警方所述，马莲井检查站之所以被选择为打砸目标，是因为双湾村和马莲井检查站纠纷由来已久。
马莲井检查站站长盛万协说，马莲井检查站2012年建立，该站地处内蒙古额济纳旗和甘肃金塔县交界处，建站主要目的是“为遏制金塔县单方面抢占土地的行为”。
盛万协介绍，从2012年以来，金塔县每年都在额济纳旗辖区内非法开垦数百亩土地。
金塔县民政局副局长张力并不认可盛万协的说法，认为金塔方才是这一块土地的合法所有者。他介绍，双湾村是金塔县一个较为年轻的行政村，2006年成立。村中主要土地是1998年前后开垦而出。当时因为西部大开发，国家鼓励开荒，当地不少农民开垦荒地，该局通过审批后，发放了土地使用证。
按双方的说法，马莲井检查站建成之后，其工作人员频频制止双湾村农牧民非法开垦、放牧等活动;而甘肃金塔县国土局执法大队，自马莲井检查站建立之初，便对其下达了违法行为停止通知书，认为检查站是建在金塔辖区内的非法构造物，马莲井检查站对此未予理会。
