2006年3月，出任民政事务局常任秘书长 。
2007年，由公务员转为问责官员，出任香港特别行政区政府新成立的发展局局长。自出任发展局局长以来，她在香港大学民意研究计划民望指标中，续任率一直在四成以上，罢免率一直少于两成。
2011年7月后，她续任率在五成以上。
2013年3月6日，对很多香港本地母亲为购买婴幼儿奶粉感到不安和焦虑，所以迫不得已修订《出入口条例》，限制奶粉出口作出回应，指出条例并非针对内地人士，做法也并非激烈。
2015年2月19日，出席“香港许愿节”开幕仪式时表示，落实普选是中央、特区政府和广大市民的共同愿望。
2015年5月22日，香港特区政府署理行政长官林郑月娥在港表示，特区政府上月底提出了以市民的意愿和香港社会整体及长远利益为依归的行政长官普选方案，呼吁香港市民踊跃表达支持立法会通过普选方案的诉求 。
2016年7月，林郑月娥获颁授大紫荆勋章。
2017年1月12日下午，香港特别行政区政务司司长林郑月娥宣布，已提请辞去政务司司长职务并已呈交中央人民政府，如果中央批准，即参加2017年特区行政长官选举。1月16日，国务院决定免去林郑月娥的政务司司长职务。[2]3月，正式成为第五届香港特区行政长官选举候选人[3]。3月26日，林郑月娥在香港特区第五任行政长官选举中胜出。
