(1)先改后建，对规划实施的各类小型水利工程，均先推行以落实管理责任为核心的工程管理体制改革，明确权属、管理方式、建设主体后，再通过“民办公助、以奖代补”的方式进行工程建设。
(2)先建后补，小农水工程均采取“先建设、再验收、后补助”的建设方式，充分发挥财政资金的引导作用和激励作用。
(3)自主申报，小农水项目区业主或管理主体自主、自愿申报。
(4)自主实施，工程项目由申报主体按区级有关部门的批复和技术要求，自主建设、自主实施。对于技术性强、需要专业施工队伍修建的工程，由协会进行比选或招标选择施工队伍，并签订建设合同。
(5)自主监督，对工程质量、资金使用、投劳筹资等建设环节，全程依靠群众自主监督。
(6)自主管护，在小农水工程建成后，分类确权，按照“谁投资、谁受益、谁所有、谁管护”的原则，明晰产权，以农户自用为主的，其产权归个人所有。农民用水户协会获得财政补助资金形成的资产，按《农民专业合作社财务会计制度(试行)》规定量化到协会成员账户，村组集体或联村建设项目获得财政补助资金形成的资产，其产权归村组集体所有，可通过承包、租赁等形式落实管护责任，确保工程发挥应有的效能，永续利用。
(7)民办公助，全区所有小型水利工程均采取“民办公助”的形式进行定额补助。
